A marca do NUPESP foi criada por Cláudio Couceiro d'Amorim, para quem ela reflete as seguintes idéias:

• as linhas representam diversas curvas econômicas, ora descendentes, ora ascendentes, lembrando a mais grossa, em verde, o "N" do NUPESP;
• o losango no centro, na cor verde, sugere a bandeira nacional;
• as linhas azuis, quando vistas em "xis" representam figuras humanas, sugerindo que as pesquisas econômicas do setor público estejam comprometidas com uma finalidade última do bem-estar social.
• as mesmas linhas azuis, quando vistas a partir do centro, representam uma sanfona, na perspectiva de irem-se abrindo do centro para a periferia, enfatizando o compromisso de sociabilização de seus resultados.